Sejarah terbentuknya Desa Mindahan Kidul pada awalnya daerah ini termasuk dalam Desa Mindahan Kidul yang dulunya masih masuk wilayah kecamatan Batealit Kabupaten Jepara Seiring dengan terjadinya pemekaran Kecamatan Batealit pada tahun 1995 menjadi dua Desa satu kecamatan, yaitu Mindahan dan Mindahan Kidul Maka dipandang perlu untuk memekarkan kembali desa yang ada di wilayah Kecamatan Batealit, sehingga terbentuklah Desa Mindahan Kidul.